Pues llegado este punto...ni idea. Pero me es muy raro que de ser algo electrónico/mecánico, no te salte ningun chivato. ¿has mirado al arrancar, y al acelerar?, la secuencia de activación de los pilotos de la EMM (la centralita, vamos) y si queda alguno encendido?.
Yo sigo pensando por los síntomas que es algo relacionado con la alimentación del motor (o le falta gasofa, o le falta aire, ¿ajustar el TPS?), pues los síntomas son los mismos que yo tenía.
Otra opción, si te defiendes con el inglés (o tirando de traductor de google

), es que te pases por el foro yanki de evinrude E-TEC: a mi en su día me fue de muchísima ayuda.
Te dejo el link al hilo concreto de tu motor:
http://www.etecownersgroup.com/?forum=136483&trail=300
