Yo no te aconsejaría que cargaras las dos al mismo tiempo con el alternador, ya que normalmente no estarán igual de descargadas (o no serán de la misma capacidad) y mientras una no está cargada del todo la otra puede que esté al 100% o incluso que se sobrecargue. Creo que es mejor cargar primero una y luego la otra, salvo que instales un repartidor de carga que entonces no hay problema, ya que el repartidor se encarga de controlar la carga a cada batería de forma individual.
Saludos,
