La única bandera legislada y obligatoria es el pabellón nacional, que ha de ser la de mayor tamaño del barco y ha de ir en popa. Para el resto de banderas -incluidas las de cortesía en la UE- estamos hablando de usos y costumbres.
Si quieres, puedes echar un vistazo a un artículo que publiqué sobre el tema de las
banderas y pabellones.
saludos