Ningún problema más allá de que Dinamarca te permita enarbolar su pabellón no siendo residente en el país.
Impuestos, teóricamente el IVA al ser una bandera comunitaria está pagado, así que te enfrentas al ITP (en general el 4% del valor consignado en tablas o en el contrato, el que sea mayor) y al Impuesto de Matriculación o IEDMT (12% del valor por el que liquides el ITP).
Eso es lo que hay ... si puedes mantener la bandera, tendrás que cumplir con todos los requisitos en materia de seguridad, inspecciones y titulaciones que los daneses, pero no con los españoles, más allá de liquidar los impuestos y solicitar la exención de la obligatoriedad de matricular el barco en España.
salud!!!