Sólo para que lo tengamos claro todos, da igual dónde abanderemos ... si el barco entra en España y tú eres el dueño y residente en España, te van a cobrar el IEDMT y posiblemente también el de transmisiones, y ojo con el IVa, que si no puedes acreditar que lo tengas pagado, también te lo van a reclamar.
Olvidémonos de aquello de "tengo el barco con bandera portuguesa en Portugal o bandera maltesa en Malta, etc ... y me vengo unos días a España en plan de tránsito ... el hecho imponible es que un barco propiedad de un residente entre en aguas españolas ... otra cosa es el plazo para liquidar el impuesto o los impuestos.
Es decir, lo de las banderas extranjeras mola para olvidarse de zonas de navegación, despachos, ITB's, y cosas de esas ... pero no para ahorrarse impuestos ni hacer experimentos con ellos.
salud.