Me sorprende mucho lo que cuentas.

Yo tengo exactamente ese mismo barco comprado en 2006 y te aseguro que si que carga ambos bancos de baterías. Al abrir el portón de la escalera veras el separador de baterías, es una cajita blanca o gris que tiene un led rojo que se enciende con el motor en marcha.

Además, la instalación del molinete, si es del astillero como la mía, si que tira de la batería del motor y solo funciona si el motor está en marcha. Como ves, tu instalación debería estar en condiciones tratándose de un Jeanneau.

De hecho Jeanneau es de los que mejor suelen hacer las instalaciones de fontanería, motor y electricidad al nivel de marcas de mucho más renombre.

¿Lo compraste de ocasión y tal vez el anterior propietario modificó algo?

Aparte es que yo si hago meses completos de fondeo sin tocar puerto y a mi me ha bastado con poner un banco de dos baterias de gel de 80 AH. Como aguantan fuertes descargas sin problema no hace falta ampliar tanto la capacidad. Ademas beben mejor del alternador y este les entrega mas intensidad que usando unas normales de plomo-acido. Aún asi es imposible recargarlas mas del 80 % solo con el alternador si este no tiene un regulador inteligente.

Mi solución es una placa solar para alimentar la nevera de día y un pequeño generador de gasolina de 750 W para recargar de noche a través del cargador de puerto.

Con esta instalación suelo pasar un mes de verano completo de fondeo sin tocar tierra en absoluto. En tu caso basta con poner una simple batería de gel para servicios y asegurarte de que el alternador si carga con normalidad ambos bancos.