Efectivamente creo que un separador mas un regulador electrónico (que no es lo mismo, son aparatos diferentes) y un par de baterías nuevas, la historia te va a cambiar como de la noche al día. Esa es la inversión que mas económica te va a salir.
Tu alternador puede con 2000 amperios de baterías. La cuestión no es si puede o no. Lo que varía es el tiempo de carga.
Ejemplo (muy básico para que se entienda, la realidad es bien distinta)
-Alternador de 50 amperios, parque de baterías de 100 amperios descargada. 2 hs de motor para recuperar.
Alternador de 50 amperios, parque de baterías de 1000 amperios descargada, 20 hs de motor para recuperar.
Repito que es para que se entienda, la realidad es bien distinta.
Como ves el alternador puede cargar los dos bancos sin problemas, lo que cambia es el tiempo de carga.
Te recomiendo poner como mínimo 200 amperios en servicio mas la del motor.
Mírate las Trojan 27 tmx de 105 amperios.
http://www.bateriamegastore.es/product/27TMX/
Son de ciclo profundo pero normales. (lo digo para no cambiar el cargador de 220 también)
Son americanas y tengo muy buenas referencias, y no de oídas.
Y en el link que te pasé veo que acaban de bajar de precio, y creo que el trasporte está incluido 162 € iva inc.!
Saludos