Normalmente, una para arranque y la otra para servicio de los demás aparatos. Para recargar ambas, un repartidor de carga, entre el alternador y las baterias. Tambien podrás enchufar a él, el cargador cuando sea menester.
Y si no te quieres complicar la vida con un conmutador, para una, otra o ambas; yo llevo en el barco un juego de cables de arranque, por si me falla la de arranque, conectarle el otro grupo de baterias.
