[astrobola]

Técnicamente, tienes la obligación de pagar el ITP por residir donde resides, no por comprar donde compres. Buscad la información en la AEAT.
En la práctica, quien te obliga a pagarlo es la capitanía como requisito para poner el barco a tu nombre. Por lo tanto, al no pasar por capitanía, nadie te obligará a pagar el ITP. Eso no cambia que sigues estando obligado. Aún cabe la posibilidad de que la GC o Aduanas lo pida (desconozco si lo hacen o si tienen intención de hacerlo en el futuro), tal como comprueban el IVA en Canarias.