[pim]

Algo que tiene por costumbre fallar, son las puntas del tester.
Lo guardas en el barco?
Se han humedecido sus contactos?
Puede haberse roto uno de los cables por su interior?
Te hablo por experiencia, este verano me volví loco con unas mediciones, a pesar de usar un tester de alta calidad, y no recuperé la sensatez hasta, pasados varios días, cuando comprobé con otro tester que lo que fallaba eran los cables del primero.

En segundo lugar, los cargadores de batería náuticos, acostumbran a tener dos y tres salidas, para dos o tres bancos de baterías. El tuyo, sin subestimarlo solo tiene una. Como te ha dicho Ex-Pi deberiamos averiguar de que tipo de cargador se trata; pero me sorprende la mención al separador de cargas.
Te refieres a un separador de diodos como el que se instala a salida del alternador?
Sigue conectado al alternador?
Asumo que no te habrás equivocado en las polaridades y que al separador solo le llegan cables positivos, pero si sigue conectado al alternador, bien pudiera ser que este estuviera absorviendo parte de la energía del cargador.

Por tanto:
1º- comprobar la fiabilidad de los elementos de medición.
2º- conocer los distintos aparatos que estás manejando. No deja de sorprenderme que no nos puedas dar datos acerca de la marca ni del amperaje del cargador de baterías.
3º- como bien te han aconsejado, ir aislando los circuitos.