Hola,
para que el alternador te cargue las dos tendrás que poner un separador de carga. No es caro pero tiene que ser adecuado según el amperaje.
Si usas el buscador del foro no te costará mucho encontrar esquemas hechos y que podrás adaptar sin problemas a tu instalación. Mira por ejemplo este post:
http://foro.latabernadelpuerto.com/s...uema+electrico y los enlace que hay en él.
Eso sí: que no te dé pereza desconectar los cables para manipular la instalación. Que luego pasa lo que pasa.

Y siempre primero el negativo!
Ánimo y suerte!
