Me animo a contestar, aunque mi experiencia es muy poca.
Creo que lo mejor, es el intraborda, por su fiabilidad y comodidad, además de ser generalmente más potentes y con menos consumo.
La ventaja del fueraborda, es el bajo coste de mantenimiento, el poder quitarlo fácilmente y el tener menos peso, que en un velero se nota.
Sin embargo, hay algo que sí se agradece en un fueraborda: la posibilidad de gobernar el velero en caso de rotura del timón o la caña (ya contaré mi anécdota reciente

) ya que con el motor fijo, quedarás al garete.
Mi opinión, para resumir, en veleros pequeños, preferible fueraborda, en los demás, sin dudas el intraborda, a menos que las regatas sean tu obsesión.
Saludos!