No se exactamente cuanto espacio se reparte entra las dos instalaciones. Pero si hiciste la expansión del sistema de archivos a través del raspi-config es que no tienes mas. Si es así cambia a una tarjeta mayor o usa un pen externo para la cartografía.

Creo que el sistema de archivos es ext4 y desde luego win no lo lee. Tampoco creo que te haga falta. Si lo pudiera leer con algún programilla no se si seria capaz de respetar el sistema de permisos o te fastidiaría el invento. Mejor no lo hagas.

Usa un pen externo en Fat32 mismamente para las cartas. Ganaras algo de velocidad también.

Yo acabo de crear una mini imagen de Raspbian UltraSlim con OpenCpn y Zygrib ya instalado y muy poco mas. Tan solo el escritorio y el emulador de terminal y un navegador web muy sencillo. Ocupa solo 2Gb (650 Mb comprimida) pero es tan ligera que va como una bala de tan pelada que está. Obviamente meto la cartografía en un pen por cuestión de espacio, claro está.

Lo de los baudios, a mi me funciona a 4800 aunque si ves sentencias NMEA supongo que va bien. Si no prueba con otros valores.