Si las pones en serie necesitas un regulador MPPT, no te vale el PWM. En el regulador PWM puedes alimentar bancos a 12 o 24V por lo general, pero la tensión de entrada no debe exceder un valor que en tu caso superarás al seriar las dos placas.
Respecto al rendimiento, en un principio en caso de sombreo parcial prefiero paralelo aunque con un regulador MPPT, en serie obtendrías mejor resultado y la sección del cable de placas a regulador será menor.
