No creo que te funcione pues wine no tiene acceso a los puertos físicos a bajo nivel.

En una ocasión tuve un problema parecido y me funcionó el crear un enlace entre el puerto físico y un puerto virtual que simulaba ser un puerto COM de windows.

Si hasta ahora no logras comunicarte con el gps prueba este comando en consola antes de lanzar el software:

sudo ln -s /dev/ttyUSB0 ~/.wine/dosdevices/com1

Suponiendo que tu puerto real sea ttyUSB0 el enlace le hará creer a wine que dispone de un puerto COM1 de tipo windows.

Si tienes mas de un dispositivo USB conectado como un gps u otro tipo que puede variar puedes repetir el comando con por ejemplo:

sudo ln -s /dev/ttyUSB1 ~/.wine/dosdevices/com2

y cosas parecidas. A ver si hay suerte con el método.