El programilla en cuestión seria algo así como este:

#Primero reseteamos la fecha para asegurarnos de que la cambia correctamente
sudo date -s '01/01/2014 00:01'
sleep 1
#Apagamos los procesos que podrian causar conflictos
sudo pkill kplex
sudo pkill ntpd
sudo pkill gpsd
#iniciamos gpsd y lo ponemos a escuchar en el primer puerto Serie (suponiendo que el gps esta conectado a el).
sudo gpsd -b -n -D 2 /dev/ttyUSB0
sleep 2
#Extraemos la fecha y la hora del gps y la enviamos a la variable $GPSDATE
sudo GPSDATE=`gpspipe -w | head -10 | grep TPV | sed -r 's/.*"time":"([^"]*)".*/\1/' | head -1`
echo $GPSDATE
#Enviamos los datos de fecha y hora captados desde la variable $GPSDATE al sistema
sudo date -s "$GPSDATE"
#Apagamos gpsd pues no lo necesitamos y entra en conflicto con kplex
sudo pkill gpsd
sudo pkill gpspipe
#Reiniciamos kplex
nohup kplex

Parece que funciona aunque a veces no logra extraer la fecha y hora si no lo ejecutamos un par de veces. No se si será la solución definitiva. Tampoco se si me gusta tener que recurrir a gpsd solo para esta pequeñez.

Si supiera algo de programación de verdad de la buena tal vez seria capaz de extraer esos datos directamente de kplex.

Bueno, tal vez alguno pueda avanzar algo mas basándose en este código.