¿los datos de GPS y AIS te llegan por un solo puerto o por dos?

¿seguro que ambos puertos tienen el parametro colocado?

Recuerda el parametro es optional=yes

A mi, en mis pruebas, con el optional=yes nunca se ha cerrado solo. Asegurate de que esta correcto o elimina el viejo .kplex.config y pon estas lineas

[serial]
optional=yes
filename=/dev/ttyUSB0
baud=38400
direction=in

[tcp]
direction=out
optional=yes
port=10110
mode=server

Esta solo lee un puerto serie a 38400 y lo reenvia por la red. Si solo tienes un puerto en uso deberia ser suficiente.