Desde mi ignorancia, que no es poca, diría que para empezar, el sistema de expulsión de gases/refrigeración de nuestros barcos es el principal causante de dicho ruido y como tu mismo dices, son motores mas toscos.
El motor de un coche moderno es mucho mas sofisticado en cuanto a inyección y otros aspectos, lo que imagino que en un ambiente marino también los haría mucho mas propensos a tener averias.
De todas formas repito que solo son suposiciones mias.
