No es por llevarte la contraria, pero la situación ahora es la siguiente:
Tanto Hacienda como DGMM consideran perfectamente legal el cambio de bandera y la solicitud de baja por exportación aunque el barco no salga de España.
Por otro lado, en cuanto a la pregunta inicial sobre el Impuesto de Transmisiones, me temo que hay que pagarlo aunque sea para llevarse el barco fuera porque es una entrega de un bien en España y al no ser primera venta, no está sujeto a IVA.
Por supuesto, la baja la puedes solicitar con o sin cambio de titularidad, el problema está en que si la solicitas sin cambio de titularidad, en la hoja final de asiento que se emite como resultado de la baja de abanderamiento en España aparece como titular el propietario anterior, lo que no es problema al abanderar en otro Estado porque estos lo que piden normalmente es el contrato de compraventa ya que registros como el británico o el belga ya avisan de que sus certificados de registro no son prueba de propiedad.
De todos modos, si solicitas la baja con cambio de titularidad, normalmente en Capitanía no te piden que justifiques el pago del Impuesto de Transmisiones.
Si tienes cualquier duda adicional, estoy a tu disposición y la de cualquier cofrade que lo necesite, como he estado siempre.
salud!!!