Yo tengo mi barco en Motril, esta a unos 500km de madrid y la carretera es buena, todo autovia.
No puedo decirte nada respecto a otros medios de transporte.
Respecto al puerto es un Club Nautico, bastante acogedor, hay que ser socio si o si, la cuota de alta ahora es muy tentadora, ronda los 1200€.
Luego pasas a pagar una cuota mensual que en mi caso de 4 personas de unidad familiar es de 44€/mes, al ser un club privado tienes aparcamiento, piscina, baños muy buenos, pistas de Padel y unas instalaciones muy bonitas con solo acceso a socios.
Luego el precio orientativo de amarre es de 4.5€/m2 Mes, y creo que hay amarres de 12x3.5 y 12x4.
Incluye luz y agua sin limite alguno.
Aqui tienes el enlace del club.
http://www.realclubnauticomotril.com/
Espero te sea de ayuda, alli hay gente de madrid y segun se comenta es de lo mas interesante por distancia/coste/privacidad/acogedor