Es extraño, el fuego de San Telmo se produce en las puntas de los mástiles.
Lo que no entiendo es "en la popa". Si es en el espejo, puede ser un "foo fighter" de muy baja intensidad. Raro de cojones... también llamado rayo globular, en el paso previo a su formación.
Supongo que no será lo que dices, pero.... En el agua, por la noche se ve el zooplancton bioluminiscente, que hace lucecitas parecidas a los rayos estáticos, dentro del agua. En realidad son "miniluciérnadas submarinas" que se encienden con el movimiento. Pero ésto no me cuadra con los sonidos crepitantes que comentas.
La respuesta más lógica creo que es que tu barco está muy aislado el palo-jarcia con respecto al agua, por lo que al cargarse positivamente por estática, muy potente en tormenta, se va creando una ruta de corriente que une el positivo de tu jarcia con el positivo del mar, más fácil por disposición de tu barco por el backstay que por el motor. (Esto suele ser normal, aunque no visible habitualmente)
Al no crearse una "ruta caliente" entre el palo y la nube, no se forma un rayo que impacta en tu barco.