Hola Mazacon un seccionador no deja de ser un interruptor pero pensado para bastante potencia y en ocasiones con un sistema de enclavamiento para evitar activarlo accidentalmente.Por lo que tu me cuentas de que cambias un conmutador para arrancar y después lo pones otra vez y ya tienes 12 voltios me suena a bricoñapa de las chungas , a ver lo que voy a decir es solo una hipótesis porque no estoy abordo y no puedo mirar lo que hay:
lo que me parece es que tienes es un sistema que para tener 12 v que pilla la tensión de una de las dos baterías pero eso no se puede hacer en dos baterías que están en serie porque termina cascando una de ellas.
lo que tendrías que hacer es una de dos o trabajas en todo el barco con 24 v o desmontas esa animalada compras un regulador de tensión de 24 a 12 v que en cualquier tienda de electrónica te lo tienen por cuatro duros y listo.
En cuanto a si puedes poner una batería de coche la respuesta es si pero ten en cuenta que funciona a 12v. casi mejor metele la de un camion que funciona a 24v y luego le pones lo que te comente para tener 12v y listo ,porque ademas a si si un día te fallan las baterías de arranque podrías usar la de servicio para salir del apuro
Si quieres mándame por privado un correo y te mando un plano a mano alzada de lo que tendrías que hacer.
saludos

