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Si un pabellón determina la "territorialidad" de la nave, el estado español puede legislar sobre su territorio, aunque sea una nave o aeronave.
Por tanto, estés donde estés del globo terráqueo si llevas un pabellón español deberás cumplir con la legislación española , con PY no puedes dar la vuelta al mundo por el recorrido mas corto.
Te van a parar para comprobarlo? posiblemente no, pero cualquier problema que tengas en una zona en la que estás de "ilegal" y deba intervenir el estado (consulado o embajada) puede traerte muchos males de cabeza.
pero hay muchos matices. Los barcos de pasaje que van de la península a baleares son , frecuentemente, de bandera de conveniencia que acostumbra a ser de un país NO UE. Cuando subes al barco como pasaje ¿sales de España? ¿debes pasar aduanas? cuando estás a mas de 12mn ¿Dónde estás? en tierra de nadie (aguas internacionales) o en el país de conveniencia? al desembarcar ¿pasas aduana?

Esto mismo se puede aplicar a vuelos península- canarias servidos por compañías extranjeras (ryanair?).

Yo no tengo la respuesta, pero será lo mismo que si un sub sahariano sube a una patrullera de la GC o salvamento marítimo. Ya está en España y no lo pueden expulsar sin juicio previo.