Si te hace factura ... siempre es con IVA, en el caso de que estuviera la operación sujeta a ITP, no hay factura, sino que el comprador procede a liquidar el ITP ante la administración correspondiente sobre la base imponible que es el valor más alto de los dos posibles, el precio reflejado en el contrato o el valor que le asignen las tablas de Hacienda.
Como he dicho antes, una sociedad casi siempre tiene que facturar con IVA y hay algunos casos, no muchos, en que la venta estaría sujeta a ITP, y entonces no cabe factura sino liquidación del ITP por parte del comprador ante la hacienda autonómica que corresponda.
salud!!!