Vamos a ver, cuando hay un cambio de leyes o normativas, en la nueva siempre se regulan este tipo de casos en las llamadas disposiciones transitorias. Nada queda, o debe quedar a la interpretación que cada uno quiera o pueda hacer. Así, si nos leemos el nuevo RD875/2014, que regula las titulaciones nauticas, en la disposición transitoria segunda, apartado 3, dice así:
Cita:
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3. Se reconocerán las calificaciones obtenidas por aquellas personas que hubiesen aprobado alguna de las asignaturas que conforman la totalidad de la prueba teórica correspondiente, según lo estipulado en la Orden FOM/3200/2007, de 26 de octubre, durante las tres convocatorias siguientes en las que se realicen pruebas de la titulación a obtener, contadas desde la entrada en vigor de este real decreto. Durante dicho plazo podrán examinarse única y exclusivamente de aquellas materias aún no aprobadas. Superado este plazo deberán someterse de nuevo a la totalidad de la prueba teórica de acuerdo a lo especificado en este real decreto.
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Asi que, creo que queda claro, tienes un plazo de 3 convocatorias para aprobar la asignatura pendiente, esté o no esté en la nueva normativa. Es de cajón, si te estás examinando al amparo de una norma, debe ser así hasta el final.
Saludos.