Hola Marcelino,
La Ley en la que se basan es la Ley de Impuestos especiales,
http://noticias.juridicas.com/base_d.../l38-1992.html, cuyo título II, artículos 65 a 74, regula el IEDMT, que normalmente conocemos como Impuesto de Matriculación.
Lo que provoca la obligación del pago del impuesto es la utilización, en este caso de un barco, del medio de transporte en territorio español por una persona residente en España.
Por eso, al haber entrado el barco en Espàña y usarlo tú, consideran que hay que pagar el IEDMT, aunque sólo hayas estado unos días.
El tema de la exención que te comentaron en Francia, debe hacer referencia al IVA, pero no al IEDMT que allí no existe.
Aunque fuera en tránsito, el barco se ha usado en aguas españolas por un residente y eso es lo que motiva la actuación de comprobación.
Dada la edad del barco y que su valor actual debe ser bastante bajo, tal vez te convenga plantearte la idea de pagar el impuesto para evitarte problemas en el futuro.
salud!!!