El procedimiento adecuado para tener un ordenador con windows y navigatrix seria:
- Instalar windows
- Entrar en la BIOs y ejecutar navigatrix desde USB suiguiendo este manual
http://campus.sailoog.com/mod/page/view.php?id=125
- Instalar navigatrix siguiendo estas instrucciones y eligiendo la opción 1
Install Navigatrix alongside them
http://navigatrix.net/nxdoc/docs/ins...-the-hard-disk
y poco mas
edito: todo esto suponiendo que tu ordenador no sea de los nuevos y tenga BIOS UEFI en cuyo caso podrás instalar ambos sistemas pero cada vez que quieras entrar en uno de ellos tendrás que entrar en la BIOS y modificarla segun los requerimientos de cada uno.