Hola el proyecto parece ser realmente interesante.
No conozco el raspberry, esta versión 2 me parece bien potente.
Hoy por hoy utilizo un integrador de puertos NMEA y Seatlk, es el MINIPLEX2. No es el que tinen wifi, ni USB,este lo hace por bluetooth.
En el puerto RS 232 del miniplex le entro con la información de AIS a 38000. El software es el opencpn que lo ruedo en win 7.
Ahora las dudas.
1) Me imagino que el raspberry debe tener la biblioteca ya desarrollada para
bluetooth. Si?
of course, pero necesitas conectarle un adaptador bluetooth USB ya que la placa no lo integra.
2) Como el GPS, AIS , Info de instrumentos ya esta integrado en el sistema. Entran en los puertos de miniplex, supongo que implantando la biblioteca del Bluetooth el software de opencpn los iría tratar de la misma forma que en win. Correcto? O será que no hay capacidad para esto?
No entiendo muy bien tu pregunta pero no creo que tengas problemas, tu multiplexor te junta todas las señales en una que envias por bluetooth y una raspberry con un rceptor bluetooth USB la recibe. Tanto OpenPlotter como OpenCPN directamente pueden recoger esa señal del bluetooth. Pero esto me recuerda que aunque lo programé en OpenPlotter aun no lo he probado realmente asi que si consigo un adaptador Bluetooth USB lo probraré.
3) No tengo ni idea de linux. Sera que se me va complicar?
en un principio todo deberia de ser para usuarios noveles y sin conocimientos pero ya se sabe que la paciencia es algo tan relativo 
Si quieres prueba con navigatrix antes de nada y verá que linux en realidad es un juego de niños.
Como idea futura.
Al sistema se le podría integrar un dispositivo de lectura de carga y descarga de baterías, indicador de nivel de agua, talvez alguna alarma de agua en sentina , gas, etc. Con arduino esto me parece simple. Claro no conozco los protocolos de análisis de que utiliza el(NASA baterías). Como complicado un transmisor de AIS.
pues si te parece sencillo con arduino con raspberry ni te cuento. La raspberry tiene una entrada I2C que es la misma que tienen casi todos los sensores necesarios para hacer lo que cuentas. Además por una misma entrada pueden conectarse varios sensores mientras no compartan posiciones de memoria. De hecho el paso siguiente de OpenPlotter es la incorporación de compas electronico, presion y temperatura, etc todos mediante I2C.
Reitero no tengo ni idea raspbian del raspberry!.
:brindis