Pues... verás, si has particionado y formateado tu disco en dos partes, una para / y otra para /home, ese inconveniente seria casi nulo.

Reinstalar el sistema cuando está así es cosa de minutos.... Sí, minutos.

Le dices que formatee / (la raíz) y que no formatee /home. Le das el mismo nombre de usuario y "voilá" en menos de 15 minutos ya lo tienes. Despues haces un apt-get todas las herramientas y programas que tenias y dependiendo de cuantos sean y de la potencia de tu ordenador y la velocidad de tu red, en unos 30 -90 minutos todo está de vuelta. Incluso completamente configurado, ya que las configuraciones se guardan en tu /home.

Otra cuestión, el tema de los modos de arranque y el hardware ha cambiado relativamente bastante en estos dos últimos años. No se que antigüedad tiene el tuyo pero si no es muy antiguo yo casi recomendaría que probaras ubuntu 15.04 que está al salir.

Es un salto cualitativo importante. Yo lo estoy probando desde que salio en modo alfa (octubre 2014) y es de los que menos problemas ha creado y mas funcionalidades de nuevo hardware soporta. Yo que tu lo probaría en modo live y si todo va bien le daría una oportunidad.

Está a punto de entrar el kernel 4 y vivid (15.04) probablemente lo recibirá. Ahora mismo está en el 3.19.0-9.

La que no te recomiendo es 14.10 pues su soporte acabará muy pronto y 14.04 ya casi tiene un año...¿no?.

Pues eso, ya que te vas a pringar aprovecha para probar cual te gusta mas.