Despues de realizar todas las pruebas pertinentes, respondo a mi propia pregunta para quien pueda estar interesado:
NO es posible en un puerto serie, recibir y transmitir a distintas
velocidades.
Por lo tanto, he necesitado un adaptador USB-SERIE para recibir datos NMEA del AIS, y otro adaptador USB-SERIE para transmitir los datos NMEA al piloto automatico.
Para las pruebas pude definir en OPENCPN un solo puerto, pero tuve que desactivar la entrada para que funcionase la salida asi como desactivar la
salida para que funcionara la entrada.