Si quitaste el acoplamiento del eje deberias poder mover el eje hacia atrás, hacia popa, dandole vueltas, o alguien tirando de la hélice, hasta tener espacio suficiente para poner el nuevo prensaestopas y luego otra vez el acoplamiento. No creo que tu prensaestopas haga más de 150mm de largo, los de eje de 25mm hacen 102mm, si el acoplamiento te hace 100mm solo te faltaria mover el eje la diferencia. Recuerda lo de los labios que te comenté, (una protección de plástico engrasada) que no rocen sobre el eje sobretodo si tiene rallas o desgastes.
El único problema que tuve fué al poner el acoplamiento nuevo, iba tan justo que no podia hacerlo entrar girando el eje con la mano y me ayudo mi hija dándole golpes con un martillo de caucho des de la hélice y girándola un poco despues de cada golpe.
Suerte