Amic Golden;
Si lees con un poco más de detalle el

excelente

artículo que comentas, verás que el pabellón nacional solo ha de estar izado si el capitán está a bordo. Cuando marchas del barco la puedes arriar o enrollar con pinzas, como hace eldelapuerta (y yo también). Si arrias el pabellón nacional, y siempre según el protocolo, has de hacer lo mismo con todas las demás banderas, excepto la de tu club náutico (no es coña)
Según la ortodoxia, la enseña nacional solo ha de estar izada de día al entrar o salir de puerto (de noche también si hay iluminación artificial) y, como tu bien dices, de sol a sol cuando el capitán está a bordo en puerto.
Fijaros en los mercantes o ferris que os crucéis en alta mar. Rara vez llevan su pabellón izado. Navegando, solo lo has de izar a requerimiento de la Autoridad (Finanzas, GC, Marina, . . )
salut!!