Casi seguro es un problema de excitación. Cuando pones un separador de carga estás diciéndole al alternador que no hay batería conectada y necesita saber que voltaje tiene para cargar o no cargar.
En los esquemas de los separadores suele venir la forma de conectarlo.
No siempre es llegar e intercalar.
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Tu separador de baterías tiene diodo de compensación o de referencia ?
