Otra posibilidad es que tu aislador de baterías sea de los clásicos, un par de diodos muy robustos pero que incrementan la lectura de voltaje de las baterías, donde se informa el regulador de tu alternador de cuándo parar la carga . Si el del nuevo alternador tiene unos márgenes más estrechos, podría detener la carga antes de empezar.
Si ese es el caso, una solución simple sería cambiar el aislador por otro de relés, que afecta menos a las lecturas de voltaje y no salen caros.
