[EIGERDIVER]

Borrasca te ha dado la mejor solución: una buena lona de fondeo evitará que entre agua de lluvia a tu embarcación. Eso sí, no sirve uno de esos plásticos de rafia que venden el Leroy Merlín: tiene que ser un tejido de calidad, perfectamente impermeable y cortado a medida para la forma de la embarcación, a la que deberás instalarle unos enganches en los que fijar con seguridad el toldo.
Otra solución, aunque bastante engorrosa teniendo en cuenta que tu barco no duerme en un pantalán sino en un muerto, sería instalar una bomba y una batería para alimentarla. Cuando llueva y el agua alcance un determinado nivel, cebará la bomba y esta hará su trabajo e impedirá que el barco se llene de agua. Pero esto tiene dos pegas: una, que con cierta periodicidad tendrás que pasar, llevarte la batería , cargarla y volverla a poner ( o tener dos baterías e ir haciendolas rotar ).. Según lo que llueva, la batería te durará más o menos.
Y el otro problema es que las bombas, como cualquier máquina, se estropean, por lo que no tienes la certeza de encontrar el barco a flote si lo desatiendes mucho tiempo.
En conclusión: hazte o encarga que te hagan una lona de fondeo ( con un palo en el centro para que no se acumulen bolsas de agua sobre ella)