Hola Juanma, yo hice los tramites en Madrid, de alli mandan la solicitud a la Capitania donde este inscrito el barco, una vez dado de baja devuelven los papeles con la baja al lugar que se los remitio y ellos te lo dan a ti. En tiempo fueron dos meses y estaba inscrito en Barcelona.
Si hay otra forma la desconozco pero seguro que algun cofrade te puede orientar mejor.

