Con lo que me comentas es suficiente para que el motor andará mal, vibrara, incluso que le metierais un calenton.
Me sorprende mucho que un barco con sólo 5 años llevara una prensaestopa humeda.
Para alinear los motores se coloca una especie de casquillo para centrar el eje en la bocina, no siempre, pero evidentemente se quita al terminar.
Lo normal es que puedas mover el eje fácilmente, si no es así, seguramente algo anda mal.
Bueno ya lo tienes solucionado.
