Tu lo compras de forma normal, haciendo un contrato de compra/venta. Luego envías eso al país donde tiene el pabellón, rellenando el formulario de su página y ellos te mandarán una documentación nueva con el barco a tu nombre.
Y si lo que quieres es pasarlo a bandera española (jajaja!...) tendrás que, primero hacer el contrato, y luego darlo de baja en su pais....finalmente podrás darlo de alta...(de nuevo jajaja!)...aquí.
Lo mas normal es que te mareen y te cobren, cobren, cobren...itb, etc.
PD: también tienes, obviamente, la opción de recurrir a un gestor, pero los tiros van por ahí.