Echa un vistazo a este hilo:

http://foro.latabernadelpuerto.com/s...ev#post1795485

Especialmente repasa el mensaje 1032 que un servidor escribió para aclarar ese desconcierto. En aquel caso con un dispositivo distinto.

... udev es tu amigo, es algo complicado pero espero que te sirva.

Otra solución menos elegante pero que podria funcionar es pasar de GPSD y configurar ambos puertos tanto ttyUSB0 como ttyUSB1 como entrada y salida a la vez en opencpn. No alteraría el funcionamiento y daría igual que dispositivo se asigna a que puerto... siempre y cuando ambos trabajen a la misma velocidad de baudios, en este caso 4800... supongo.

Ahora bien, si tuvieras que lidiar con un dispositivo a distinta velocidad (como un receptor AIS que suelen trabajar a 38400), entonces necesitas recurrir a udev si o sí.