Hola Qué lindo viaje!
De lo que ya te han dicho muy bien, reafirmo eso de que el barco no lo lleves a Argentina, tendrás problemas. Al menos todavía, tal vez eso cambie algún día pero por ahora ni miras.
Fondeaderos, en Uruguay lo que es la costa oceánica, no hay.
Ni para dejar el barco sólo un rato, la carta puede decir que sí, pero para circunstancias específicas que vamos, mejor ni marearlos innecesariamente.
En ríos, hoy cualquiera tiene un cayak, bote, lancha... piensa cuánto tienes en el barco y cuánto puede costar reponerlo en vida, plata, tiempo y disgustos, los puertos son mucho más baratos y cómodos.
Uruguay cobra matrícula a los barcos extranjeros que están más de 9 meses al 31 de Diciembre de cada año, por lo que si llegas el 1º de abril, no pagas hasta el otro año, si sales (a Brasil sería la única opción y Rio Grande la más cercana) antes de Setiembre del año siguiente ni siquiera pagas, pero si no, tampoco es muy cara.
Entre Rio Grande y La Paloma no hay refugio, sólo del W si te pegas a la costa que llegando al Polonio no es recomendable en absoluto estar cerca.
Brasil, la burocracia merece un capítulo aparte, pero similar a Uruguay, no complican por gusto, sólo hay que saber un par de tips y relajarse. Tienes plazos que son muy estrictos pero "Aduanas" y "Capitanía dos Portos" son cosas distintas. en Capitanía avisas dónde estás y a dónde vas, sin problema. En Aduana debes usar el recurso de los aviones, despachar entrada y salida a (donde sea) "con escalas" que si no... precintos, interdicción y más burocracia.
Sin embargo, las personas sólo pueden estar 90 días, el barco sí pero ustedes no; o... claro, más burocracia.
Saludos