Yo tengo puesto una placa de ese tipo unos cuatro años conectada a través de un fusible (protección) y un diodo a la batería directamente. Si pones un regulador ya te consume más de lo que puedas producir... Puesta donde tu quieres, debajo de la claraboya de proa, con una ventosas, protegida de la lluvia y me basta así.
En tu caso, dos baterías, del borne de la placa positivo, un diodo puesto de forma correcta, a cada batería, y en vez de un fusible, dos fusibles, uno en serie con cada diodo.
Poner las baterías en paralelo no es aconsejable.
Para mantener las baterías y que no se sulfaten es suficiente, y si es un velero y los usas poco también. Si el consumo es intensivo debes tener, obviamente, un sistema de carga más contundente.