Según he leido, si tienes transmision por eje, al dejarlas en bandera las palas de una tripala adoptan un angulo respecto al flujo de agua (plano inclinado con aproximadamente el mismo angulo de inclinación que el eje) y eso crea una resistencia. Si la transmisión es por cola (sail drive) el angulo coincide casi exactamente con el flujo de agua y la resistencia es mínima.
En la de dos palas, si las pones en vertical, no hay ese problema.
Salud:

