En principio puedes poner las dos pero tienes que tener alguna que otra cosa en cuenta. Si son de la misma capacidad y su voltaje cargadas a tope es el mismo, las puedes coectar en paralelo, pero la carga se debe de hacer de forma independiente, tanto por el cargador de 220 como del alternador.
Si tu cargador tiene varias salidas, una es para una bateria y otra para la otra bateria. La salida del alternador la tienes que conectar a un divisor de tension para 2 o 3 baterias
Aqui tienes un post de como se hace
http://foro.latabernadelpuerto.com/s...9&postcount=13
Pero lo mejor es que pongas antes del consumo un conmutador o coector de baterias para poner o la A o la B o ambas.