A ver... Tal como lo expones, para largas temporadas, lo que deberías hacer es que la salida de tu regulador cargara directamente la batería de servicios (salida del regulador a borne positivo de batería de servicios), sin olvidarte del fusible correspondiente. Entonces puedes dejar el selector en 0 -todo desconectado, pero servicios cargando-, y batería de arranque desconectada.
Cuando quieras usar el barco, puedes:
1.- Poner el selector en motor, para que se recupere lo máximo posible. (Edito: error. Esto no vale, tienes las placas a bat. de servicios. No tengas en cuenta este punto).
2.- Selector en both, baterías en paralelo y ambas cargando simultáneamente.
3. Arrancas, con las dos bats en paralelo (both). Sufren menos y facilitas el arranque. Las dejas un rato o no. Pasas a 2, servicios. A tirar millas. todo funcionando y las dos baterías cargando, la 2 con las placas y la del motor con el alternador. Aparatos con batería 2, batería 1 aislada.
4.- Caso de emergencia, no arranca por batería descargada: selector a both, arrancas y vuelta a 2.
Simple, fácil y seguro. Más seguro aún si cuando pones el selector en both te cuelgas algo de donde más te moleste para que no se te olvide sacar el selector de both.
Ventaja adicional: te ahorras el pastón del bicho inteligente ese y las complicaciones por avería de material adicional innecesario.

para que pases el tocho.