El pabellón nacional (comúnmente conocido como bandera nacional) es un emblema representativo de la nación que identifica por su forma y colores. Por tanto solo a esta nación le corresponde legislar acerca de la forma usos y costumbres relacionadas con su emblema representativo.

Dicho esto, queda claro que España puede, y de hecho legisla acerca del uso del emblema nacional pero no puede legislar sobre los emblemas representativos de otras naciones.

Por lo que yo se, en mi caso Bélgica, sí legisla acerca de su emblema y reconoce como valido solo el emblema tradicional. No reconoce la enseña europea como válida para representar a Bélgica... ni siquiera con la pequeña bandera belga en la esquina.

Por tanto, no creo que las autoridades españolas puedan decirte nada al respecto aunque las del pais que tu abanderas sí.

Lo que si que deben comprobar las autoridades (sean del país que sean) es que navegas de manera legal bajo la bandera de cualquier país reconocido por los tratados internacionales. En pocas palabras.... que no eres un barco sin abanderar, sin ley, pirata.

El uso de emblemas confusos podría exponerte a un repaso mas meticuloso por parte de las autoridades y ademas en el caso de que estas sean las de tu país de abanderamiento estas te podrían sancionar o penalizar.

Por otro lado, recuerdo que Cocua, en su libro "Un paseo por el mundo" decia preferir llevar los mínimos distintivos posibles. Incluso utiliza (yo lo he visto en persona) la bandera europea con una pequeña bandera española en la esquina. Al parecer hasta ahora no le ha causado ningún inconveniente.... y eso que creo que el aún posee bandera española.