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He encontrado la explicación!

Gracias a un buen amigo mío, fanático de la Heráldica.

El león y el castillo no es que representen, en las banderas antiguas, a los reinos correspondientes, sino a la casa reinante, es decir, a la dinastía.

Algo parecido pasa con las barras de Aragón, que en su origen eran el símbolo de la casa de Aragón. La razón por la que Carlos no era ya de la casa de Aragón es que no era descendiente de Fernando por vía masculina, aunque fue aceptado como rey de Aragón sin grandes problemas.

De hecho, los borbones tendrían que haber renunciado a los símbolos de Castilla en sus escudos personales, pero se limitaron a incluir en ellos las flores de lis, que los representan.

Tampoco los Trastámara (de origen castellano) cambiaron el símbolo de la casa de Aragón cuando, a través del Compromiso de Caspe, accedieron a la corona aragonesa.

Una vez más, pienso que si non é vero...