De todas las que has propuesto, la que más me gusta es la solución 1, con un shunt bien dimensionado no te ha de dar problemas. Yo lo llevo así, con 2 shunts de 200A cada uno. Mi motor es pequeño, volvo 18 CV, pero las corrientes de arranque puntuales que mide el amperímetro nunca superan picos de 50 A.
Hace varios años que lo llevo así y los shunts están impecables (como nuevos).
Esta es la opción lógica para estar seguro de que están midiendo exactamente lo que entra y lo que sale de cada banco de baterías.
Ve con cuidado que algunos amperímetros piden que se conecte el shunt en el negativo de la batería y otros en el positivo. Haz lo que te diga el fabricante. Yo los llevo el los positivos, tal como tú indicas.
Cervecitas
LDN