El principal problema de tener baterias en paralelo es el proceso de cargarlas.
Como ya te dijeron, si una tiene menos carga, pasa carga de la mejor a la peor hasta que las dos se igualan, pero a la carga de la peor.
Pero el proceso inverso, cargar las baterias, lo que pasa es que primero se cargara la de menor tension y con mas amperios que la(s) otras.
Lo mismo para con tipos diferenntes de baterias como en tu caso AGM y plomo. El ciclo de carga es diferente.
Asi que de lo unico que te tienes que preocupar es de cargar los tipos diferentes de baterias de forma independiente.
Es decir, puedes poner en paralelo las dos nuevas de AGM y cargarlas independientetemente, con un cargador inteligente que reconozca este tipo de baterias. Y puedes poner en paralelo las de plomo y cargarlas independientemente de las otras.
Tambien el uso lo separaria con un conmutador de A (p.e. Banco AGM) o B(banco plomo) o A+B.
Para cargar independientemente las baterias tienes cargadores de 220V con varias salidas (el mio tiene tres) y a la salida del alternador se le pone un separador de carga, que los hay para dos o tres grupos de baterias.
Aqui tienes un esquema de como conectar
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Y aqui otro comentario
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