Si finalmente vas a deshacerte de windows cuando el tema se acabe.... Uf, pasar toda la faena de eliminar linux, instalar windows y reinstalar linux es un peñazo.

Yo primero probaría wine, no nos has dicho de que software se trata. Seria útil saberlo. Si con wine rula bien lo cual es perfectamente plausible, ¡problema solucionado!

Lo siguiente que haría es virtualizar. Usar virtualbox, crear un disco duro virtual e instalar en él el windows que prefieras. Es la experiencia mas cercana a tener windows instalado de forma nativa que puedes tener usando Linux. Virtualizando es 99,9% seguro que tu software funcionará.

La opción de usar windows desde una unidad externa es algo tambien posible aunque según los casos puede ser algo complejo. Se puede instalar en un disco duro externo (trasteandolo para que no se niegue a hacerlo, porque de casa viene negado a instalarse en unidades externas), pero la ganancia es poca en velocidad, casi mejor virtualizar. Sobre todo si tu ordenador es reciente.

De hecho yo virtualizo Linux sobre windows en tabletas ya que no he sido capaz de instalarlo de forma nativa y voy tirando bastante bien.

Hay muchisimos tutoriales de como usar virtualbox e instalarlo en linux es tan sencillo como:

sudo apt install virtualbox