Mas que perder señal lo que podría suceder es que le llegue poca chicha y no termine de iniciar los satélites. Ya te digo que en si es poco probable, pues un GPS no creo que chupe tanta energía como otros dispositivos. Pero hay cables que sufren bastante perdida debido a que son de baja calidad o podría perderse energía por un mal contacto de alguno de los conectores USB.

Para salir de dudas prueba con otro alargo y a ver que sucede.